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Steuerberater für Ärzte in der MVZ-GmbH: Steuerliche Besonderheiten

Veröffentlicht: 20.10.2026Aktualisiert: 20.10.2026Lesezeit: ca. 11 Minuten

MVZ-GmbH: Gründung und Abgrenzung

Medizinische Versorgungszentren sind nach § 95 SGB V fachübergreifende oder fachgleiche ärztlich geleitete Einrichtungen, die an der vertragsärztlichen Versorgung teilnehmen. Die dort tätigen Ärzte sind als angestellte Ärzte oder als Vertragsärzte in das Arztregister eingetragen. Das MVZ braucht einen ärztlichen Leiter, der selbst im MVZ tätig und in medizinischen Fragen weisungsfrei ist.

Wer ein MVZ gründen darf, regelt § 95 Abs. 1a SGB V abschließend. Dazu gehören:

• zugelassene Ärzte,
• zugelassene Krankenhäuser,
• anerkannte Praxisnetze,
• gemeinnützige Träger, die aufgrund einer Zulassung oder Ermächtigung an der vertragsärztlichen Versorgung teilnehmen,
• Kommunen.

Erbringer nichtärztlicher Dialyseleistungen dürfen nur fachbezogene MVZ gründen. Zulässige Rechtsformen sind unter anderem die Personengesellschaft, die eingetragene Genossenschaft und die GmbH.

Für die GmbH stellt § 95 Abs. 2 SGB V eine Zusatzvoraussetzung auf. Die Gesellschafter müssen für Forderungen der Kassenärztlichen Vereinigung und der Krankenkassen gegen das MVZ aus dessen vertragsärztlicher Tätigkeit Sicherheit leisten. Das geschieht durch selbstschuldnerische Bürgschaften oder andere Sicherheitsleistungen nach § 232 BGB. Die haftungsbeschränkende Wirkung der GmbH ist insoweit eingeschränkt.

Körperschaft- und Gewerbesteuer der MVZ-GmbH

Mit der Rechtsform GmbH wechselt das steuerliche System vollständig. Steuersubjekt ist die Gesellschaft selbst, nicht mehr der einzelne Arzt.

Körperschaftsteuer

Die MVZ-GmbH ist unbeschränkt körperschaftsteuerpflichtig. Der Steuersatz beträgt 15 %, hinzu kommt der Solidaritätszuschlag von 5,5 % auf die Körperschaftsteuer. Das ergibt zusammen 15,825 %. Die Einkommensermittlung richtet sich über § 8 KStG nach den Vorschriften des EStG. Alle Einkünfte der GmbH gelten als Einkünfte aus Gewerbebetrieb.

Gewerbesteuer kraft Rechtsform

Nach § 2 Abs. 2 GewStG gilt die Tätigkeit einer Kapitalgesellschaft stets und in vollem Umfang als Gewerbebetrieb. Auf den freiberuflichen Charakter der ärztlichen Leistung kommt es nicht an. Darin liegt der wesentliche Unterschied zur freiberuflichen Praxis.

Für die Berechnung sind vier Punkte maßgeblich:

• Kein Freibetrag: Der Freibetrag von 24.500 Euro steht nur natürlichen Personen und Personengesellschaften zu. Für die GmbH entfällt er.
• Messzahl und Hebesatz: Der Gewerbeertrag wird mit der Steuermesszahl von 3,5 % multipliziert (§ 11 Abs. 2 GewStG). Auf den Messbetrag wendet die Gemeinde ihren Hebesatz an (§ 16 GewStG).
• Keine Anrechnung: Eine Anrechnung auf die Einkommensteuer wie bei Personenunternehmen (§ 35 EStG) gibt es für die GmbH nicht.
• Kein Betriebsausgabenabzug: Die Gewerbesteuer ist nicht als Betriebsausgabe abziehbar (§ 4 Abs. 5b EStG).

Für MVZ besonders relevant sind die Hinzurechnungen nach § 8 Nr. 1 GewStG. Dazu zählen:

• Entgelte für Schulden, etwa Zinsen für die Finanzierung von Großgeräten,
• die Hälfte der Mieten für unbewegliche Wirtschaftsgüter, also die Praxisräume,
• ein Fünftel der Mieten und Leasingraten für bewegliche Wirtschaftsgüter, etwa geleaste Medizintechnik.

Übersteigt die Summe dieser Beträge den Freibetrag von 200.000 Euro, wird ein Viertel des übersteigenden Betrags dem Gewerbeertrag hinzugerechnet. Bei mehreren Standorten mit hohen Mieten und umfangreichem Geräteleasing kann diese Grenze überschritten werden.

Besteuerung bei den Gesellschaftern

Gewinnausschüttungen an die ärztlichen Gesellschafter unterliegen grundsätzlich der Abgeltungsteuer. Auf Antrag ist das Teileinkünfteverfahren möglich (§ 32d Abs. 2 Nr. 3 EStG). Voraussetzung ist eine Beteiligung von mindestens 25 % oder von mindestens 1 % bei gleichzeitiger beruflicher Tätigkeit für die Gesellschaft. Für Ärzte, die im eigenen MVZ arbeiten, ist die zweite Variante häufig erfüllt.

Umsatzsteuer: Heilbehandlung und steuerpflichtige Leistungen

Die Rechtsform GmbH ändert nichts daran, dass ärztliche Heilbehandlungen umsatzsteuerfrei sein können. § 4 Nr. 14 UStG befreit Heilbehandlungen im Bereich der Humanmedizin, die im Rahmen der ärztlichen Tätigkeit erbracht werden. Ausdrücklich erfasst sind auch ärztliche Heilbehandlungen durch Zentren, die nach § 95 SGB V an der vertragsärztlichen Versorgung teilnehmen. Entscheidend ist der therapeutische Zweck der Leistung, also Diagnose, Behandlung oder Vorbeugung von Krankheiten.

Nicht befreit sind Leistungen, die keinen solchen Zweck verfolgen. Typische Beispiele:

• rein ästhetische Eingriffe ohne medizinische Indikation,
• Gutachten, die nicht der Behandlung dienen, sondern etwa Versicherungs- oder Rechtsfragen klären,
• der Verkauf von Produkten an Patienten,
• die Vermietung von Geräten an Dritte (die Vermietung von Räumen ist nicht nach § 4 Nr. 14 UStG, in der Regel aber nach § 4 Nr. 12 UStG steuerfrei),
• die entgeltliche Überlassung von Personal.

Bei Selbstzahlerleistungen ist stets im Einzelfall zu prüfen, ob ein therapeutisches Ziel vorliegt. Im zahnärztlichen Bereich gilt eine Besonderheit: Im eigenen Unternehmen hergestellter oder wiederhergestellter Zahnersatz ist von der Befreiung ausgenommen.

Auch bei der E-Rechnung ist zu differenzieren. Die Pflicht zum Empfang elektronischer Rechnungen gilt seit 2025 für alle Unternehmer, also auch für die MVZ-GmbH. Die Ausstellungspflicht ab 2027 bzw. 2028 betrifft dagegen nur steuerpflichtige Leistungen an andere Unternehmer. Kleinbetragsrechnungen bleiben dauerhaft ausgenommen.

Bilanzierung nach HGB statt EÜR

Die GmbH ist Formkaufmann und nach § 238 HGB zur doppelten Buchführung verpflichtet. Eine Einnahmen-Überschuss-Rechnung, wie sie in der Einzelpraxis üblich ist, scheidet aus. Für die Steuer wird die Bilanz über § 5 EStG zugrunde gelegt und nach § 5b EStG als E-Bilanz elektronisch übermittelt.

Gegenüber der EÜR verschieben sich im MVZ vor allem drei Bereiche.

1. Quartalsabrechnung mit der KV. Honorare für Leistungen des vierten Quartals werden meist erst im Folgejahr abgerechnet und ausgezahlt. Wirtschaftlich gehören sie aber in das abgelaufene Geschäftsjahr. Zum Stichtag ist daher eine Forderung zu aktivieren. Ihre Höhe ist auf Basis der eingereichten Abrechnung und der Erfahrungswerte vorsichtig zu bemessen. Abschlagszahlungen der KV sind mit der Forderung zu verrechnen.

2. Rückstellungen. Für drohende Honorarrückforderungen, etwa aus Plausibilitäts- oder Wirtschaftlichkeitsprüfungen, kommen Rückstellungen für ungewisse Verbindlichkeiten in Betracht. Voraussetzung ist eine hinreichend konkrete Inanspruchnahme. Hinzu kommen übliche Positionen wie Urlaubsrückstellungen und die Kosten des Jahresabschlusses.

3. Anlagevermögen. Medizintechnik wird aktiviert und planmäßig abgeschrieben. Geringwertige Wirtschaftsgüter bis 800 Euro netto können sofort abgeschrieben werden. Alternativ steht der Sammelposten für Wirtschaftsgüter von 250,01 bis 1.000 Euro zur Verfügung. Für bewegliche Wirtschaftsgüter, die zwischen dem 01.07.2025 und dem 31.12.2027 angeschafft werden, ist steuerlich eine degressive AfA von bis zu 30 % möglich.

Wird eine bestehende Praxis in die MVZ-GmbH eingebracht, stellen sich weitere Fragen: der Ansatz des Praxiswerts, die Abgrenzung zur Vertragsarztzulassung und eine mögliche Buchwertfortführung nach dem Umwandlungssteuergesetz. Diese Fragen sind einzelfallabhängig.

Gesellschafter-Geschäftsführer, angestellte Ärzte und vGA

In vielen MVZ-GmbHs sind die gründenden Ärzte zugleich Gesellschafter, Geschäftsführer und behandelnde Ärzte. Ihre Vergütung ist bei der GmbH grundsätzlich Betriebsausgabe. Das gilt allerdings nur, soweit sie dem Fremdvergleich standhält.

Eine verdeckte Gewinnausschüttung nach § 8 Abs. 3 Satz 2 KStG liegt vor, wenn die GmbH einem Gesellschafter oder einer ihm nahestehenden Person einen Vorteil zuwendet, den sie einem fremden Dritten nicht gewährt hätte. Für beherrschende Gesellschafter kommt eine formale Anforderung hinzu: Die Vereinbarungen müssen im Voraus klar, eindeutig und zivilrechtlich wirksam getroffen und tatsächlich durchgeführt werden.

Prüfungsrelevant sind insbesondere:

• die Gesamthöhe der Bezüge im Verhältnis zu Ertragslage und vergleichbaren Positionen,
• Tantiemen, deren Bemessungsgrundlage und Höhe angemessen geregelt sein müssen,
• Pensionszusagen,
• Nutzungsüberlassungen zwischen Gesellschafter und GmbH, etwa die Vermietung von Praxisräumen.

Weiterführend: verdeckte Gewinnausschüttung und Geschäftsführergehalt in der GmbH.

Rechenbeispiel einer MVZ-GmbH

Eine MVZ-GmbH mit zwei ärztlichen Gesellschafter-Geschäftsführern und mehreren angestellten Ärzten weist für das Geschäftsjahr folgende Zahlen aus. Der (fiktive) Hebesatz der Gemeinde beträgt 400 %. Alle Umsätze sind steuerfreie Heilbehandlungen.

Die Anschaffung der Geräte ist nicht als Aufwand erfasst, sondern aktiviert. In der GuV erscheint nur die Abschreibung.

Gewerbesteuerliche Hinzurechnung: 50 % der Miete (90.000 Euro) plus Zinsen (20.000 Euro) ergeben 110.000 Euro. Dieser Betrag liegt unter dem Freibetrag von 200.000 Euro, es erfolgt keine Hinzurechnung.

Variante mit vGA: Angenommen, eine Betriebsprüfung stuft 50.000 Euro der Bezüge eines Gesellschafter-Geschäftsführers als unangemessen ein. Dann erhöht sich das Einkommen um diesen Betrag. Die Folgen:

• Körperschaftsteuer und Solidaritätszuschlag steigen um 7.912,50 Euro.
• Die Gewerbesteuer steigt um 7.000 Euro (50.000 Euro × 3,5 % × 400 %).
• Beim Gesellschafter wird der Betrag nicht mehr als Arbeitslohn, sondern als Kapitalertrag besteuert.

Ohne Gewerbesteuer läge die Belastung auf Ebene der GmbH bei rund 15,8 %. Der Unterschied zeigt, warum die Gewerbesteuer kraft Rechtsform bei der Rechtsformwahl ein zentraler Faktor ist. Für einen vollständigen Rechtsformvergleich sind zusätzlich die Besteuerung der Ausschüttungen beim Gesellschafter und die Einkommensteuer bei der freiberuflichen Praxis einzubeziehen.

Feststellung, Offenlegung und Fristen

Die meisten MVZ-GmbHs sind kleine Kapitalgesellschaften im Sinne von § 267 HGB. Für Geschäftsjahre ab 2024 gelten folgende Grenzen, von denen jeweils zwei nicht überschritten werden dürfen:

• Klein: bis 7,5 Mio. Euro Bilanzsumme, 15 Mio. Euro Umsatz, 50 Arbeitnehmer.
• Kleinst (§ 267a HGB): bis 450.000 Euro Bilanzsumme, 900.000 Euro Umsatz, 10 Arbeitnehmer.

MVZ mit mehreren Standorten erreichen wegen des Personalbestands allerdings schnell die Arbeitnehmergrenze. Eine Pflicht zur Abschlussprüfung nach § 316 HGB besteht erst ab der Größenklasse mittelgroß. Sie ist dann durch einen Wirtschaftsprüfer oder vereidigten Buchprüfer durchzuführen.

Seit dem DiRUG erfolgt die Offenlegung beim Unternehmensregister. Kleinstkapitalgesellschaften können statt der Veröffentlichung die Hinterlegung der Bilanz wählen. Werden die Steuererklärungen ohne Berater erstellt, gilt die kürzere allgemeine Frist des § 149 Abs. 2 AO.

Steuerberater für Ärzte: Auswahlkriterien bei der MVZ-GmbH

Wer nach einem Steuerberater für Ärzte, einem Steuerberater für Zahnärzte oder allgemein nach Steuerberatung für Heilberufe sucht, findet ein breites Angebot. Für die MVZ-GmbH kommt es auf die Verbindung von zwei Fachgebieten an: Kapitalgesellschaftsrecht und Heilberufe-Spezifika. Fachlich sinnvolle Kriterien sind:

Rechtsanwälte und Wirtschaftsprüfer sind nach § 3 Nr. 1 StBerG gleichrangig zur Hilfeleistung in Steuersachen befugt. Bilanzbuchhalter dürfen für Dritte die laufende Buchführung und Lohnabrechnung übernehmen, nicht aber den Jahresabschluss erstellen. Die Vergütung von Steuerberatern richtet sich nach der Steuerberatervergütungsverordnung (StBVV). Einen Überblick über Aufgaben und Abgrenzung bietet der Beitrag Steuerberater für die GmbH.

Selbsterstellung und Aufgabenteilung

Für die MVZ-GmbH besteht keine gesetzliche Pflicht, einen Steuerberater zu beauftragen. Nach § 34 AO haben die Geschäftsführer die steuerlichen Pflichten der Gesellschaft zu erfüllen. Die GmbH darf daher selbst:

• den Jahresabschluss erstellen,
• die E-Bilanz sowie die Körperschaft-, Gewerbe- und Umsatzsteuererklärungen fertigen,
• alles mit eigenem ELSTER-Organisationszertifikat übermitteln.

§ 2 StBerG beschränkt lediglich die geschäftsmäßige Hilfeleistung für Dritte.

In der Praxis sind verschiedene Aufgabenteilungen verbreitet. Manche Gesellschaften lassen die laufende Buchhaltung intern oder durch Dienstleister erledigen und bereiten den Abschluss selbst vor. Fachliche Spezialfragen werden dann punktuell ausgelagert, etwa vGA-Prüfung, Einbringung oder umsatzsteuerliche Abgrenzung. Software-Lösungen wie OnlineBilanz unterstützen im Basismodell die Erstellung eines KI-gestützten Jahresabschlussentwurfs und die technische Übermittlung nach § 87d AO. Prüfung, Entscheidung und Feststellung bleiben dabei Sache der Gesellschaft. Optional kann ein Steuerberater aus dem Kooperationsnetzwerk den Abschluss prüfen und unterzeichnen; er handelt dann in eigener beruflicher Verantwortung (§ 33 StBerG).

Fazit

Die MVZ-GmbH verbindet ärztliche Tätigkeit mit den Regeln der Kapitalgesellschaft. Prägend sind:

• die Gewerbesteuerpflicht kraft Rechtsform ohne Freibetrag,
• die Körperschaftsteuer,
• die fortbestehende, aber zweckgebundene Umsatzsteuerbefreiung für Heilbehandlungen,
• die HGB-Bilanzierung mit periodengerechter Erfassung der KV-Honorare,
• die Offenlegung beim Unternehmensregister.

Das vGA-Risiko betrifft nur ärztliche Gesellschafter und ihnen Nahestehende, nicht angestellte Ärzte, die weder beteiligt sind noch einem Gesellschafter nahestehen. Ein Steuerberater für Ärzte mit MVZ-Erfahrung kann diese Themen fachlich begleiten. Ebenso zulässig ist die Selbsterstellung durch die Gesellschaft, gegebenenfalls ergänzt um punktuelle Beratung durch Steuerberater, Rechtsanwälte oder Wirtschaftsprüfer.

Hinweis: Eine Demo des Portals sowie ein Kostenrechner sind unter login.onlinebilanz.de/demo bzw. login.onlinebilanz.de/demo/kostenrechner abrufbar.

Häufig gestellte Fragen

Hinweis: Dieser Beitrag dient der allgemeinen Information und ersetzt keine individuelle steuerliche oder rechtliche Beratung. Steuerliche Beratung im Einzelfall erteilen nur die nach dem Steuerberatungsgesetz dazu befugten Personen und Gesellschaften, insbesondere Steuerberater, Rechtsanwälte und Wirtschaftsprüfer. Stellen Sie den Abschluss selbst fest, stellen wir Software sowie die technische Datenübermittlung nach § 87d AO bereit; Prüfung, Entscheidung und Feststellung obliegen Ihnen. Beauftragen Sie Prüfung und Freigabe, erbringt ein namentlich benannter Steuerberater sämtliche Vorbehaltsaufgaben in eigener beruflicher Verantwortung. Stand der Rechtslage: 10/2026.