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Fabian KlementJakob RößDr. Jeannine DinnebierIhre SteuerabteilungFabian Klement · Jakob Röß · Dr. Jeannine DinnebierSteuerberater · Wirtschaftsprüfer | Steuerberater | Rechtsanwältin
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OnlineBilanz›Blog›E-Rechnung Software: Worauf GmbH und UG bei der Auswahl achten sollten

E-Rechnung Software: Worauf GmbH und UG bei der Auswahl achten sollten

Veröffentlicht: 21.09.2026Aktualisiert: 21.09.2026Fachlich geprüft: 21.09.2026Lesezeit: ca. 8 Minuten

Seit dem 1. Januar 2025 sind inländische B2B-Umsatzsteuerpflichtige nach § 27 Abs. 38 UStG verpflichtet, strukturierte elektronische Rechnungen empfangen zu können. Für GmbH und UG bedeutet das: Die Wahl der richtigen E-Rechnung Software entscheidet darüber, ob Prozesse revisionssicher, gesetzeskonform und buchhalterisch reibungslos ablaufen – oder ob manuelle Nacharbeit und Haftungsrisiken entstehen. Dieser Artikel liefert die wesentlichen Auswahlkriterien auf Fachebene.

SG
Servet Gündogan

Büroleiter OnlineBilanz · Stuttgart

Erster Ansprechpartner für Kunden, koordiniert auf Wunsch die Zusammenarbeit mit kooperierenden Steuerberatern.

FK
✓ Fachlich geprüft vonFabian Klement

Wirtschaftsprüfer & Steuerberater · M.A.
Steuerberaterkammer Stuttgart

Schwerpunkt Jahresabschlussprüfung, Konzernreporting und E-Bilanz. Qualitätssicherung aller Abschlüsse. Fabian Klement hat die fachlichen Aussagen dieses Beitrags geprüft.

Kurzantwort

Eine geeignete E-Rechnung Software für GmbH und UG muss die gesetzlich vorgeschriebenen strukturierten Formate (insbesondere XRechnung und ZUGFeRD ab Profil EN 16931) erzeugen und lesen können, GoBD-konforme Archivierung gewährleisten, Schnittstellen zu bestehenden Buchhaltungs- und ERP-Systemen bieten und den gesamten Belegfluss lückenlos dokumentieren. Erst die Kombination dieser Merkmale erfüllt die Anforderungen aus UStG, UStDV und GoBD vollständig.

Rechtlicher Rahmen ab 2025

Das Wachstumschancengesetz vom 27. März 2024 hat die Pflicht zur elektronischen Rechnung im B2B-Bereich in deutsches Recht überführt. Maßgeblich sind dabei insbesondere § 14 UStG (Begriff und Form der Rechnung), § 14b UStG (Aufbewahrungspflichten) sowie die konkretisierenden Vorschriften der UStDV. Eine E-Rechnung im Sinne des Gesetzes ist ab dem 1. Januar 2025 eine Rechnung, die in einem strukturierten elektronischen Format ausgestellt, übermittelt und empfangen wird und eine elektronische Verarbeitung ermöglicht. Entscheidend: Das Format muss der europäischen Norm EN 16931 entsprechen oder mit ihr interoperabel sein.

Die Umsetzungsfristen für die aktive Ausstellungspflicht sind gestaffelt:

Zeitraum Regelung
Ab 01.01.2025 Empfangspflicht für alle inländischen B2B-Umsätze; Ausstellung noch überwiegend als sonstige Rechnung erlaubt (mit Zustimmung des Empfängers)
Ab 01.01.2027 Ausstellungspflicht für Unternehmen mit Vorjahresumsatz > 800.000 EUR
Ab 01.01.2028 Ausstellungspflicht für alle übrigen inländischen B2B-Aussteller

Für GmbH und UG folgt daraus, dass eine rein belegbasierte oder PDF-Lösung ohne strukturierten Datenteil ab 2027 bzw. 2028 nicht mehr ausreicht. Eine frühzeitige Systementscheidung vermeidet Prozessbrüche und ermöglicht es, die internen Abläufe schrittweise anzupassen.

Hinweis zum Anwendungsbereich

Die E-Rechnungspflicht gilt für inländische B2B-Umsätze zwischen im Inland ansässigen Unternehmern (§ 14 Abs. 2 Satz 2 UStG n.F.). Leistungen an Verbraucher (B2C) sowie grenzüberschreitende Umsätze fallen nicht unter diese Ausstellungspflicht. GmbH und UG sollten ihren Kundenstamm entsprechend segmentieren.

Unterstützte Formate: XRechnung, ZUGFeRD & Co.

Bei der Auswahl einer E-Rechnung Software ist die Formatunterstützung das zentrale technische Kriterium. Im deutschen und europäischen Kontext sind derzeit zwei Formate dominant:

XRechnung

XRechnung ist ein rein maschinenlesbares XML-Format, das als nationale CIUS (Core Invoice Usage Specification) für Deutschland entwickelt wurde und die EN 16931 implementiert. Es enthält keine visuelle Darstellung; der Rechnungsempfänger benötigt zur Anzeige einen geeigneten Viewer oder Konverter. XRechnung ist der De-facto-Standard für öffentliche Auftraggeber (Pflicht seit November 2020 gemäß E-Rechnungsverordnung des Bundes) und gewinnt im privaten B2B-Bereich zunehmend an Bedeutung.

ZUGFeRD

ZUGFeRD (Zentraler User Guide des Forums elektronische Rechnung Deutschland) kombiniert eine menschenlesbare PDF-Schicht mit einem eingebetteten XML-Datenteil. Ab Profil EN 16931 (früher: Comfort) gilt ZUGFeRD als E-Rechnung im Sinne des § 14 UStG. Die Profile Minimum und Basic WL erfüllen die gesetzliche Anforderung hingegen nicht, da sie die Anforderungen der EN 16931 nicht vollständig abbilden. Eine Software muss daher mindestens ZUGFeRD EN 16931 oder das Profil XRechnung erzeugen können.

Weitere Formate

Für international tätige GmbH können ergänzend Peppol BIS Billing 3.0 (Basis für das europäische Peppol-Netzwerk) oder länderspezifische Formate wie Factur-X (Frankreich, technisch identisch mit ZUGFeRD 2.x) relevant sein. Eine Software, die lediglich eines dieser Formate unterstützt, kann bei internationalen Lieferketten schnell an ihre Grenzen stoßen.

ZUGFeRD-Profile Minimum und Basic WL genügen den gesetzlichen Anforderungen an eine E-Rechnung gemäß § 14 UStG nicht. Achten Sie bei der Software-Auswahl explizit auf die Unterstützung des Profils EN 16931 oder XRechnung.

GoBD-Konformität und Archivierung

Die Grundsätze zur ordnungsmäßigen Führung und Aufbewahrung von Büchern, Aufzeichnungen und Unterlagen in elektronischer Form (GoBD, BMF-Schreiben vom 28. November 2019, BStBl. I 2019 S. 1269) stellen konkrete Anforderungen an die elektronische Archivierung von Rechnungen. Für GmbH und UG, die ihren Jahresabschluss nach HGB erstellen müssen, ist die revisionssichere Aufbewahrung von Eingangs- und Ausgangsrechnungen keine Kür, sondern gesetzliche Pflicht gemäß § 257 HGB und § 147 AO (zehn Jahre Aufbewahrungsfrist für Rechnungen).

Was GoBD-Konformität konkret bedeutet

Eine GoBD-konforme E-Rechnung-Lösung muss folgende Anforderungen erfüllen:

  • Unveränderlichkeit: Archivierte Belege dürfen nachträglich nicht ohne Protokollierung geändert werden können (Manipulationsschutz).
  • Vollständigkeit: Jede empfangene und versendete Rechnung muss vollständig und zeitnah archiviert werden.
  • Nachvollziehbarkeit: Der gesamte Belegfluss inklusive Zeitstempel, Empfangs- und Versanddaten muss lückenlos dokumentiert sein.
  • Maschinelle Auswertbarkeit: Das Archivsystem muss eine maschinelle Auswertung und einen Export im Rahmen einer Betriebsprüfung (z. B. nach GDPdU/GoBD-Datenzugriffsverfahren) ermöglichen.
  • Verfahrensdokumentation: Der Einsatz der Software muss in einer Verfahrensdokumentation beschrieben sein, die dem Finanzamt auf Anforderung vorgelegt werden kann.

Anbieter, die GoBD-Konformität behaupten, sollten diese durch ein entsprechendes Testat oder Prüfbericht eines unabhängigen Wirtschaftsprüfers oder Steuerberaters belegen können. Eine Eigenzertifizierung des Anbieters ist kein Nachweis im Sinne der GoBD.

Aufbewahrung im Original-Format

Die GoBD verlangen, dass elektronische Dokumente im Original-Format aufbewahrt werden. Eine E-Rechnung darf grundsätzlich nicht nur als PDF-Rendering archiviert werden, wenn das Original ein strukturiertes XML war. Die Software muss daher beide Ebenen – die XML-Nutzdaten und ggf. die visuelle PDF-Schicht bei ZUGFeRD – gemeinsam und unveränderlich speichern.

Schnittstellen und Systemintegration

Eine E-Rechnung Software, die isoliert betrieben wird, schafft neue manuelle Übergabepunkte und ist damit kontraproduktiv. Die Qualität der Schnittstellen ist daher ein ebenso wichtiges Auswahlkriterium wie die Formatunterstützung.

Buchhaltungssysteme

Für die meisten GmbH und UG steht die Integration in das vorhandene Buchhaltungssystem an erster Stelle. Praxisrelevante Schnittstellen sind DATEV-Export-kompatible Formate (z. B. DATEV-ASCII, DATEV-XML), da viele Steuerberater und kooperierende Wirtschaftsprüfer mit DATEV arbeiten. Daneben sind direkte API-Anbindungen an gängige ERP-Systeme (SAP, Microsoft Dynamics, Lexware) sowie an Cloud-Buchhaltungsplattformen zu prüfen.

ERP- und Warenwirtschaftssysteme

Rechnungen entstehen häufig nicht in der Buchhaltungssoftware, sondern im ERP- oder Warenwirtschaftssystem. Eine bidirektionale Schnittstelle ermöglicht, dass Auftragsdaten automatisch in die Rechnungserstellung übergehen und der Buchungsbeleg automatisch zurückgemeldet wird. Bei fehlender Schnittstelle droht doppelte Datenpflege.

Übermittlungswege

Neben der Erstellung muss die Software die rechtlich zulässigen Übermittlungswege abdecken: E-Mail mit strukturiertem Anhang, Peppol-Netzwerk, Upload in Kundenportale sowie ab dem Zeitpunkt der eventuellen Einführung eines nationalen Meldesystems (viXBRL/CTC-Verfahren) eine entsprechende Reporting-Schnittstelle. GmbH, die öffentliche Auftraggeber beliefern, benötigen bereits heute eine Peppol-fähige oder XRechnung-kompatible Übertragungsfunktion.

Eingangsrechnungsverarbeitung

Die Software sollte auch eingehende E-Rechnungen automatisch verarbeiten: XML-Parsing, Plausibilitätsprüfung gegen Bestelldaten (Purchase-Order-Matching), automatische Kontierung und Weiterleitung in den Freigabeworkflow. Dies reduziert den manuellen Aufwand erheblich und verringert das Risiko von Fehleingaben in der Finanzbuchhaltung.

E-Rechnung Kosten: Lizenz- und Prozesskosten richtig bewerten

Die Frage nach den E-Rechnung Kosten lässt sich nicht auf eine einzelne Lizenzgebühr reduzieren. Eine vollständige Kostenbetrachtung unterscheidet zwischen direkten und indirekten Kosten.

Direkte Lizenzkosten

E-Rechnung-Lösungen werden typischerweise als SaaS-Abonnement (monatlich oder jährlich pro Nutzer oder pro Belegvolumen), als Einmallizenz mit Wartungsvertrag oder als modulare Erweiterung eines bestehenden ERP-Systems angeboten. Die Spanne reicht von wenigen Euro pro Monat für Basislösungen bis zu mehreren Tausend Euro jährlich für Unternehmenslizenzen mit vollem Funktionsumfang. Für eine GmbH mit mittlerem Belegvolumen (500–2.000 Rechnungen pro Jahr) sind jährliche Lizenzkosten zwischen 500 und 3.000 EUR marktüblich; bei ERP-Integration ist mit einem deutlichen Aufschlag zu rechnen.

Indirekte Prozesskosten

Entscheidender als die Lizenzgebühr sind häufig die vermiedenen Prozesskosten: Zeitaufwand für manuelle Dateneingabe, Fehlerquoten bei der Buchung, Kosten für nachträgliche Korrekturen und der Aufwand bei Betriebsprüfungen mit unstrukturierten Belegen. Eine Automatisierungsquote von 80 % bei der Eingangsrechnungsverarbeitung kann den Verwaltungsaufwand signifikant senken – dieser Effekt ist bei der Investitionsrechnung zu berücksichtigen.

Implementierungskosten

Schnittstellen-Konfiguration, Datenmigration, Schulung und Verfahrensdokumentation verursachen Einmalkosten, die bei cloud-basierten Standardlösungen geringer ausfallen als bei On-Premise-Installationen mit individuellem ERP-Anschluss.

Kostenrechnungshinweis

Die E-Rechnung-Softwarekosten sind als Betriebsausgabe abzugsfähig. Laufende SaaS-Lizenzen sind sofort abzugsfähig; Einmallizenzen können je nach Ausgestaltung zu aktivieren und über die Nutzungsdauer abzuschreiben sein. Stimmen Sie die bilanzielle Behandlung mit einem Steuerberater ab.

Praxisbeispiel: Mittelständische GmbH

Ausgangslage: Eine produzierende GmbH mit einem Jahresumsatz von 4,2 Mio. EUR stellt monatlich ca. 120 Ausgangsrechnungen aus und verarbeitet ca. 200 Eingangsrechnungen. Die Buchhaltung läuft intern über eine Standardsoftware; der Jahresabschluss wird in Kooperation mit einem Steuerberater erstellt und anschließend beim Bundesanzeiger offengelegt.

Bisheriger Prozess: Ausgangsrechnungen werden als PDF per E-Mail versandt. Eingangsrechnungen werden gescannt, manuell kontiert und in der Buchhaltungssoftware erfasst. Pro Eingangsrechnung entsteht ein geschätzter Bearbeitungsaufwand von 8 Minuten.

Anforderungsanalyse:

  • Ausgangsrechnungen: ZUGFeRD EN 16931 und XRechnung für B2B-Kunden (ab 2027 Pflicht); PDF-Rechnungen für B2C-Kunden weiterhin zulässig
  • Eingangsrechnungen: Automatisches Parsing eingehender XRechnung- und ZUGFeRD-Dokumente, automatische Kontierungsvorschläge
  • Archivierung: GoBD-konforme unveränderliche Ablage mit Zeitstempel, Exportfunktion für Betriebsprüfungen
  • Schnittstelle: DATEV-Export-kompatibel für die Übergabe an den kooperierenden Steuerberater

Kostenbetrachtung (vereinfacht):

Position Betrag p.a.
SaaS-Lizenz (inkl. Archivierung) 1.440 EUR
Implementierung / Schnittstellenkonfiguration (einmalig, verteilt auf 3 Jahre) 600 EUR
Schulung Mitarbeiter (einmalig, verteilt auf 3 Jahre) 200 EUR
Gesamtkosten Software p.a. 2.240 EUR
Eingesparter Bearbeitungsaufwand (200 Rechnungen × 5 Min. Ersparnis × 12 Mon. × 40 EUR/Std.) – 8.000 EUR
Netto-Effekt p.a. – 5.760 EUR (Einsparung)

Das vereinfachte Beispiel zeigt: Der wirtschaftliche Nutzen einer gut integrierten E-Rechnung-Lösung übersteigt die Lizenzkosten in der Regel deutlich, sobald das Belegvolumen eine kritische Masse erreicht. Die Entscheidung für die richtige Software ist damit keine reine Compliance-Frage, sondern eine betriebswirtschaftliche.

Eine vollständige Betrachtung der laufenden Buchhaltungs- und Jahresabschlusskosten der GmbH finden Sie im Bereich Jahresabschluss auf dieser Plattform.

Checkliste: Auswahlkriterien für E-Rechnung Software auf einen Blick

Unterstützung von XRechnung (UBL und CII) und ZUGFeRD ab Profil EN 16931
Empfang, Anzeige und automatisches Parsing eingehender E-Rechnungen
GoBD-konforme, unveränderliche Archivierung mit Zeitstempel und Audit-Trail
Export-Funktion für Betriebsprüfungen (GDPdU/GoBD-Datenzugriffsverfahren)
Verfahrensdokumentation vorhanden oder durch Anbieter bereitstellbar
DATEV-Export-kompatible Schnittstelle für die Weitergabe an Steuerberater
API oder native Integration in das vorhandene ERP-/Buchhaltungssystem
Peppol-Anbindung (relevant für öffentliche Auftraggeber und internationale B2B)
Unterstützung zukünftiger nationaler Meldeverfahren (CTC/ViDA-Readiness)
Transparente Lizenz- und Volumenkosten ohne versteckte Transaktionsgebühren
Nachweis der GoBD-Konformität durch unabhängiges Testat (kein Selbst-Zertifikat)
Rollenkonzept und Zugriffsrechte (Trennung Erstellung / Freigabe / Archivierung)

Ergänzende Überlegungen zur Software-Architektur

Cloud/SaaS

Geringere Implementierungskosten, automatische Updates bei Gesetzesänderungen, ortsunabhängiger Zugriff. Abhängigkeit vom Anbieter und dessen Datenschutzkonzept (Serverstandort DE/EU prüfen).

On-Premise

Volle Datenkontrolle, individuelle Integration in Legacy-ERP-Systeme. Höhere Implementierungs- und Wartungskosten, Aktualisierungsaufwand bei Normenänderungen liegt beim Unternehmen.

Fazit

Die Auswahl einer geeigneten E-Rechnung Software ist für GmbH und UG keine rein technische, sondern eine strategische Entscheidung mit direkten Auswirkungen auf Compliance, Buchhaltungsqualität und Betriebskosten. Die wesentlichen Auswahlkriterien lassen sich in vier Dimensionen bündeln: Formatunterstützung (mindestens XRechnung und ZUGFeRD EN 16931), GoBD-konforme Archivierung (unveränderlich, vollständig, maschinell auswertbar), Systemintegration (insbesondere DATEV-Export-kompatible Schnittstellen und ERP-Anbindung) sowie ein transparentes Kostenmodell, das Lizenz- und Prozesskosten gemeinsam bewertet.

Wer die Entscheidung strukturiert angeht und die in diesem Artikel genannten Kriterien konsequent prüft, schafft eine belastbare Grundlage für die gesetzeskonforme Einführung der E-Rechnung – und nutzt gleichzeitig das Automatisierungspotenzial, das strukturierte elektronische Belege im Vergleich zu papiergebundenen oder reinen PDF-Prozessen bieten.

Wenn Sie darüber hinaus prüfen möchten, wie sich die E-Rechnungslösung in Ihren Jahresabschluss-Prozess integriert, finden Sie auf der Seite zum Jahresabschluss weiterführende Informationen. Eine erste Orientierung zu möglichen Funktionen und Kosten bietet der Kostenrechner; alternativ können Sie die Plattform unverbindlich in der Demo-Umgebung erkunden.

01.01.2027

Ausstellungspflicht ab Umsatz > 800.000 EUR

10 Jahre

Aufbewahrungsfrist für Rechnungen (§ 147 AO)

Häufig gestellte Fragen

Ab wann müssen GmbH E-Rechnungen ausstellen?

Die Ausstellungspflicht für strukturierte E-Rechnungen gilt für GmbH mit einem Vorjahresumsatz über 800.000 EUR ab dem 1. Januar 2027, für alle übrigen inländischen B2B-Aussteller ab dem 1. Januar 2028. Die Empfangspflicht gilt bereits seit dem 1. Januar 2025.

Welche Formate erfüllen die gesetzlichen Anforderungen?

XRechnung (UBL und CII) sowie ZUGFeRD ab dem Profil EN 16931 erfüllen die Anforderungen des § 14 UStG. Die ZUGFeRD-Profile Minimum und Basic WL genügen hingegen nicht, da sie die europäische Norm EN 16931 nicht vollständig implementieren.

Was bedeutet GoBD-Konformität für E-Rechnung Software?

GoBD-konforme Software muss elektronische Rechnungen unveränderlich, vollständig und nachvollziehbar archivieren, eine maschinelle Auswertbarkeit für Betriebsprüfungen sicherstellen und durch eine Verfahrensdokumentation beschreibbar sein. Ein unabhängiges Testat ist der belastbare Nachweis; eine Eigenzertifizierung des Anbieters reicht nicht aus.

Wie hoch sind die typischen E-Rechnung Kosten für eine mittelständische GmbH?

SaaS-Lösungen mit GoBD-konformer Archivierung und Standardschnittstellen kosten für GmbH mit mittlerem Belegvolumen typischerweise zwischen 500 und 3.000 EUR jährlich. Hinzu kommen einmalige Implementierungskosten. Diesen stehen in der Regel deutlich höhere Einsparungen bei der manuellen Eingangsrechnungsverarbeitung gegenüber.

Muss eine E-Rechnung Software DATEV-Export kompatibel sein?

Es gibt keine gesetzliche Pflicht, eine DATEV-Export kompatible Software einzusetzen. Für die Zusammenarbeit mit einem Steuerberater, der DATEV nutzt, ist jedoch eine DATEV-Export-kompatible Schnittstelle praxisrelevant, damit Belege ohne Medienbruch übergeben werden können.

Gilt die E-Rechnungspflicht auch für UG (haftungsbeschränkt)?

Ja. Die E-Rechnungspflicht nach § 14 UStG gilt für alle umsatzsteuerpflichtigen inländischen Unternehmer, unabhängig von der Rechtsform. UG (haftungsbeschränkt) unterliegen damit denselben Anforderungen wie GmbH.

Über Autor und fachliche Prüfung

Autor

Servet Gündogan

Büroleiter OnlineBilanz · Stuttgart

Erster Ansprechpartner für Kunden, koordiniert auf Wunsch die Zusammenarbeit mit kooperierenden Steuerberatern.

Fachliche Prüfung

Fabian Klement

Wirtschaftsprüfer & Steuerberater · M.A.

✓ Steuerberaterkammer Stuttgart · Wirtschaftsprüferkammer

Schwerpunkt Jahresabschlussprüfung, Konzernreporting und E-Bilanz. Qualitätssicherung aller Abschlüsse. Verantwortet die fachliche Prüfung dieses Beitrags.

Hinweis: Dieser Beitrag dient der allgemeinen Information und ersetzt keine individuelle Beratung. Steuerliche Beratung im Einzelfall erteilen nur die nach dem Steuerberatungsgesetz dazu befugten Personen und Gesellschaften, insbesondere Steuerberater, Rechtsanwälte und Wirtschaftsprüfer. Sie können Ihren Jahresabschluss über OnlineBilanz selbst feststellen und die E-Bilanz mit einem eigenen ELSTER-Zertifikat einreichen; auf Wunsch übernimmt gegen Aufpreis ein Steuerberater, mit dem wir kooperieren, Prüfung, Freigabe und Unterschrift in eigener beruflicher Verantwortung. Stand der Rechtslage: September 2026.

Ben
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Kennenlerntermin15 Min · Raphael Diener