Apotheke gründen 2026: Rechtsform, Kosten & Pflichten
Zuletzt aktualisiert: May 2026 · Lesezeit: ca. 10 Minuten
Wer eine Apotheke gründen möchte, bewegt sich in einem stark regulierten Umfeld: Neben der Wahl der Rechtsform müssen Betriebserlaubnis, Finanzierung, Buchführungs- und Offenlegungspflichten geklärt werden. Dieser Leitfaden zeigt Ihnen alle rechtlichen, steuerlichen und bilanziellen Schritte für die Apotheken-Gründung 2026 – von der Gewerbeanmeldung bis zum Jahresabschluss.
Kurzantwort
Die Gründung einer Apotheke erfordert eine behördliche Betriebserlaubnis nach § 1 ApoG und die Wahl einer geeigneten Rechtsform (Einzelunternehmen, GmbH oder OHG/KG). Apotheken sind buchführungs- und bilanziell offenlegungspflichtig, sofern sie als Kapitalgesellschaft organisiert sind. Steuerlich unterliegen sie der Gewerbesteuer, Umsatzsteuer und Körperschaftsteuer (bei GmbH), wobei Arzneimittellieferungen umsatzsteuerfrei sind.
Inhaltsverzeichnis
- Welche Rechtsform eignet sich für die Apotheken-Gründung?
- Welche behördlichen Genehmigungen brauche ich für die Apotheken-Gründung?
- Mit welchen Kosten muss ich bei der Apotheken-Gründung rechnen?
- Welche Buchführungspflichten gelten für Apotheken?
- Muss ich als Apotheken-GmbH den Jahresabschluss offenlegen?
- Welche steuerlichen Besonderheiten gelten für Apotheken?
- Welche laufenden Compliance-Pflichten habe ich als Apothekenbetreiber?
- Was muss ich bei Nachfolge und Verkauf meiner Apotheke beachten?
Welche Rechtsform eignet sich für die Apotheken-Gründung?
Die Wahl der Rechtsform ist für angehende Apothekengründer eine strategische Weichenstellung. Im Apothekenrecht gilt nach § 2 ApoG (Apothekengesetz) der Grundsatz, dass nur approbierte Apotheker eine Apotheke betreiben dürfen. Dies hat unmittelbare Auswirkungen auf die zulässigen Rechtsformen: Während die Einzelapotheke und die Apotheken-GmbH (bei der der Apotheker Alleingesellschafter ist) unproblematisch sind, scheidet eine klassische Kapitalgesellschaft mit Fremdkapitalgebern in der Regel aus.
Einzelunternehmen oder GmbH: Die beiden Hauptoptionen
Die meisten Apotheken werden entweder als Einzelunternehmen oder als Einpersonen-GmbH geführt. Die Einzelapotheke bietet maximale Flexibilität, keine Mindestkapitalanforderung und einfache Buchführung (bei Erfüllung der Schwellenwerte nach § 241a HGB ist eine Bilanzierung erforderlich). Die GmbH hingegen beschränkt die Haftung auf das Gesellschaftsvermögen (§ 13 Abs. 2 GmbHG), erfordert jedoch ein Stammkapital von 25.000 Euro (§ 5 Abs. 1 GmbHG) und unterliegt strengeren Publizitätspflichten.
| Rechtsform | Haftung | Mindestkapital | Offenlegungspflicht | Buchführung |
|---|---|---|---|---|
| Einzelapotheke | Unbeschränkt persönlich | Keine | Nur bei Größenüberschreitung | § 238 ff. HGB |
| Apotheken-GmbH | Beschränkt auf Stammkapital | 25.000 € | Ja, § 325 HGB | § 242 ff. HGB |
| Apotheken-OHG | Unbeschränkt persönlich | Keine | Nur bei Größenüberschreitung | § 238 ff. HGB |
Hinweis
Praxis-Tipp: Die GmbH ist besonders dann sinnvoll, wenn Sie mehrere Apotheken (Filialapotheken nach § 9 ApoG) betreiben möchten oder wenn Sie das Haftungsrisiko aus Vertragsbeziehungen (Lieferanten, Immobilien-Leasing) begrenzen wollen. Lassen Sie sich vor der Gründung steuerlich beraten, da die Rechtsformwahl erhebliche ertragsteuerliche Folgen hat.
Welche behördlichen Genehmigungen brauche ich für die Apotheken-Gründung?
Die Gründung einer Apotheke erfordert neben der Eintragung ins Handelsregister (bei GmbH) oder der Gewerbeanmeldung (bei Einzelunternehmen) eine Betriebserlaubnis nach § 1 ApoG. Diese wird von der zuständigen Landesbehörde erteilt und setzt neben der Approbation als Apotheker auch den Nachweis geeigneter Räumlichkeiten, Personal und technischer Ausstattung voraus.
Approbation und Apothekererlaubnis
Nur approbierte Apotheker (§ 2 Abs. 1 ApoG) dürfen eine Apotheke betreiben. Die Approbation wird nach erfolgreichem Abschluss des Pharmaziestudiums und des praktischen Jahres erteilt. Zusätzlich ist für den Betrieb einer Apotheke eine Betriebserlaubnis erforderlich, die an die Person des Apothekers gebunden ist. Ein reiner Kapitalgeber ohne Approbation kann folglich keine Apotheke führen – die personelle Leitung muss stets in den Händen eines approbierten Apothekers liegen.
-
Approbation als Apotheker (§ 4 BApO)
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Betriebserlaubnis nach § 1 ApoG bei zuständiger Landesbehörde
-
Gewerbeanmeldung bzw. Handelsregistereintragung (GmbH)
-
Nachweis geeigneter Räumlichkeiten (Apothekenbetriebsordnung)
-
Mitgliedschaft in der Apothekerkammer
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Berufsgenossenschaft (DGUV Vorschrift 1)
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Betriebsnummer für Sozialversicherung
Achtung
Achtung: Die Betriebserlaubnis kann bei schwerwiegenden Verstößen gegen das Arzneimittelgesetz oder die Apothekenbetriebsordnung widerrufen werden (§ 4 Abs. 5 ApoG). Stellen Sie daher sicher, dass Ihre Organisation und Dokumentation den gesetzlichen Anforderungen entsprechen – dies gilt insbesondere für die Einhaltung der Qualitätsmanagementsysteme nach § 1a ApBetrO.
Mit welchen Kosten muss ich bei der Apotheken-Gründung rechnen?
Die Gründung einer Apotheke ist kapitalintensiv. Je nach Standort, Größe und Ausstattung müssen Gründer mit einem Investitionsvolumen zwischen 250.000 Euro und 800.000 Euro rechnen. Hinzu kommen laufende Kosten für Personal, Miete, Wareneinkauf und Verwaltung. Eine realistische Finanzplanung ist essenziell, da Banken bei der Kreditvergabe strenge Maßstäbe anlegen und meist einen Eigenkapitalanteil von mindestens 20 Prozent erwarten.
Investitionskosten im Detail
Einmalige Gründungskosten
- Betriebserlaubnis und Notar: 5.000–10.000 €
- Ladeneinrichtung (Offizin, HV-Tisch): 50.000–120.000 €
- Warenlager und Erstausstattung: 80.000–150.000 €
- EDV-System, Warenwirtschaft, Rezeptabrechnung: 20.000–40.000 €
- Marketingmaßnahmen und Website: 5.000–15.000 €
Laufende monatliche Kosten
- Miete / Pacht: 3.000–10.000 €
- Personalkosten (inkl. Sozialabgaben): 15.000–40.000 €
- Wareneinkauf und Logistik: variabel
- Versicherungen (Betriebshaftpflicht, Berufshaftpflicht): 500–1.500 €
- Steuerberatung und Buchhaltung: 500–1.200 €
Neben der klassischen Bankfinanzierung kommen auch Förderprogramme der KfW (z. B. ERP-Gründerkredit) oder landesspezifische Förderbanken in Betracht. Sprechen Sie frühzeitig mit Ihrer Hausbank und einem Steuerberater, um Ihre Finanzierungsstruktur optimal aufzustellen und steuerliche Gestaltungsspielräume (z. B. Investitionsabzugsbetrag nach § 7g EStG) zu nutzen.
„Viele Apothekengründer unterschätzen die laufenden Kosten in den ersten zwei Jahren. Planen Sie realistisch und kalkulieren Sie einen Liquiditätspuffer von mindestens sechs Monaten ein. Wer seine Buchführung von Anfang an professionell aufstellt, behält den Überblick und kann rechtzeitig steuern.“
— Das OnlineBilanz Steuerberater-Team
Welche Buchführungspflichten gelten für Apotheken?
Jede Apotheke – unabhängig von der Rechtsform – unterliegt den handelsrechtlichen Buchführungspflichten nach § 238 HGB, sofern die Schwellenwerte für Kaufleute überschritten werden. Bei der GmbH besteht diese Pflicht bereits kraft Rechtsform (§ 6 Abs. 1 HGB). Die Buchführung muss den Grundsätzen ordnungsmäßiger Buchführung (GoB) entsprechen und sämtliche Geschäftsvorfälle zeitnah, vollständig und richtig erfassen.
Bilanzierung und Jahresabschluss
Nach § 242 HGB sind Kaufleute verpflichtet, zu Beginn ihres Handelsgewerbes und für den Schluss eines jeden Geschäftsjahres eine Bilanz sowie eine Gewinn- und Verlustrechnung aufzustellen. Für die Apotheken-GmbH gelten ergänzend die Vorschriften des Dritten Buchs des HGB (§§ 264 ff. HGB). Der Jahresabschluss muss gemäß § 264 Abs. 1 HGB von den Geschäftsführern aufgestellt und von der Gesellschafterversammlung innerhalb von acht Monaten nach Bilanzstichtag festgestellt werden (§ 42a Abs. 2 GmbHG für mittelgroße und große GmbH, elf Monate für kleine GmbH nach § 42a Abs. 1 GmbHG).
- Inventur: Jährliche körperliche Bestandsaufnahme des Warenlagers (§ 240 HGB), besonders bei Arzneimitteln relevant.
- Anlagenbuchhaltung: Erfassung und Abschreibung von Ladeneinrichtung, EDV-Systemen, Kfz etc. nach § 253 HGB.
- Kassenführung: Tagesaktuelle Erfassung von Bareinnahmen, Einhaltung der GoBD (BMF-Schreiben vom 28.11.2019).
- Rezeptabrechnung: Sorgfältige Dokumentation aller Rezepte für die Abrechnung mit Krankenkassen und Apothekenrechenzentren.
- Umsatzsteuervoranmeldungen: Monatlich oder quartalsweise (§ 18 UStG), Beachtung der Steuerbefreiung nach § 4 Nr. 14 UStG für apothekenübliche Leistungen.
Hinweis
Praxis-Tipp: Nutzen Sie moderne Warenwirtschaftssysteme, die Ihre Buchführung automatisiert mit Belegen verknüpfen und eine GoBD-konforme Archivierung sicherstellen. Wer den Jahresabschluss durch einen Steuerberater erstellen lassen möchte, ohne langes Suchen, findet auf OnlineBilanz.de digitale Steuerberater-Leistungen mit transparenten Festpreisen.
Muss ich als Apotheken-GmbH den Jahresabschluss offenlegen?
Ja. Jede GmbH – auch die Apotheken-GmbH – ist nach § 325 HGB verpflichtet, ihren Jahresabschluss beim Unternehmensregister offenzulegen. Seit Inkrafttreten des Gesetzes zur Umsetzung der Digitalisierungsrichtlinie (DiRUG) am 1. August 2022 erfolgt die Offenlegung ausschließlich elektronisch über das Unternehmensregister. Der Bundesanzeiger war bis dahin die zentrale Plattform; diese Funktion wurde vollständig auf das Unternehmensregister übertragen.
Fristen und Umfang der Offenlegung
Die Offenlegungsfrist beträgt zwölf Monate nach dem Bilanzstichtag (§ 325 Abs. 1 HGB). Für eine GmbH mit Bilanzstichtag 31.12.2025 endet die Frist also am 31.12.2026. Der Umfang der offenzulegenden Unterlagen richtet sich nach der Größenklasse gemäß § 267 HGB:
| Größenklasse | Offenzulegende Unterlagen | Erleichterungen |
|---|---|---|
| Kleine GmbH | Bilanz, Anhang, ggf. Lagebericht | Vereinfachte Bilanz nach § 327 Nr. 1 HGB, keine GuV-Pflicht |
| Mittelgroße GmbH | Bilanz, GuV, Anhang, Lagebericht | Keine wesentlichen Erleichterungen |
| Große GmbH | Bilanz, GuV, Anhang, Lagebericht, Bestätigungsvermerk | Prüfungspflicht nach § 316 HGB |
Achtung
Versäumte Offenlegung: Bei Nichteinhaltung der Offenlegungsfrist droht ein Ordnungsgeldverfahren nach § 335 HGB. Das Bundesamt für Justiz setzt das Ordnungsgeld zwischen 500 Euro und 25.000 Euro fest – abhängig von der Größenklasse und dem Grad der Säumigkeit. In der Praxis werden bei erstmaliger Versäumnis oft 2.500 bis 5.000 Euro fällig.
„Die Offenlegungsfrist von zwölf Monaten klingt großzügig, doch in der Praxis wird sie oft unterschätzt. Bedenken Sie, dass vorher der Jahresabschluss erstellt, geprüft (bei Prüfungspflicht) und festgestellt werden muss. Planen Sie daher frühzeitig und koordinieren Sie die Schritte mit Ihrem Steuerberater.“
— Servet Gündogan, Büroleiter OnlineBilanz Stuttgart
Welche steuerlichen Besonderheiten gelten für Apotheken?
Apotheken sind steuerlich privilegiert, da wesentliche Umsätze nach § 4 Nr. 14 UStG von der Umsatzsteuer befreit sind. Dies betrifft insbesondere den Verkauf von verschreibungspflichtigen Arzneimitteln und die Abgabe im Rahmen der ärztlichen Verordnung. Nicht umsatzsteuerbefreit sind hingegen der Verkauf von freiverkäuflichen Arzneimitteln, Kosmetika und sonstigen Drogerieartikeln – hier gilt der reguläre Umsatzsteuersatz von 19 Prozent (bzw. 7 Prozent für bestimmte Waren nach Anlage 2 zu § 12 Abs. 2 UStG).
Umsatzsteuer: Steuerbefreiung und Vorsteuerabzug
Die Umsatzsteuerbefreiung nach § 4 Nr. 14 UStG hat eine Kehrseite: Für diese Umsätze entfällt der Vorsteuerabzug aus bezogenen Leistungen (§ 15 Abs. 2 UStG). Da Apotheken jedoch gemischte Umsätze erzielen (steuerfrei und steuerpflichtig), ist eine Aufteilung der Vorsteuern nach § 15 Abs. 4 UStG erforderlich. In der Praxis wird dies über einen Umsatzschlüssel vorgenommen. Die exakte Berechnung erfordert eine präzise Buchhaltung und sollte steuerlich begleitet werden.
Ertragsteuern: Gewerbesteuer und Einkommensteuer
Apotheken unterliegen der Gewerbesteuer (§ 2 GewStG), soweit der Freibetrag von 24.500 Euro überschritten wird. Für die Apotheken-GmbH fällt zusätzlich Körperschaftsteuer auf den Gewinn an (15 Prozent nach § 23 KStG zuzüglich 5,5 Prozent Solidaritätszuschlag). Der Geschäftsführer-Gesellschafter kann sich ein angemessenes Gehalt auszahlen, das als Betriebsausgabe den Gewinn mindert und beim Gesellschafter als Einkünfte aus nichtselbständiger Arbeit (§ 19 EStG) versteuert wird. Diese Gestaltung bietet erhebliche steuerliche Optimierungsmöglichkeiten.
19 %
Regelsatz USt bei freiverkäuflichen Waren
15 %
Körperschaftsteuer für GmbH
24.500 €
Gewerbesteuer-Freibetrag
Hinweis
Investitionsabzugsbetrag (§ 7g EStG): Sie können bis zu 50 Prozent der voraussichtlichen Anschaffungskosten für geplante Investitionen (z. B. neue Ladeneinrichtung, EDV) bereits im Jahr vor der Anschaffung gewinnmindernd abziehen. Dies senkt Ihre Steuerlast erheblich. Sprechen Sie mit Ihrem Steuerberater über die Voraussetzungen und Dokumentationspflichten.
Welche laufenden Compliance-Pflichten habe ich als Apothekenbetreiber?
Neben den klassischen handels- und steuerrechtlichen Pflichten unterliegen Apotheken einem dichten Regelwerk aus Arzneimittelgesetz (AMG), Apothekenbetriebsordnung (ApBetrO), Betäubungsmittelgesetz (BtMG) und weiteren fachspezifischen Vorschriften. Die Einhaltung dieser Vorschriften wird regelmäßig durch die zuständigen Überwachungsbehörden kontrolliert. Verstöße können nicht nur zu Bußgeldern, sondern auch zum Entzug der Betriebserlaubnis führen.
Qualitätsmanagementsystem nach § 1a ApBetrO
Seit 2012 ist jede Apotheke verpflichtet, ein Qualitätsmanagementsystem (QMS) einzurichten und fortzuschreiben (§ 1a ApBetrO). Das QMS muss alle relevanten Arbeitsabläufe dokumentieren, Verantwortlichkeiten festlegen und Fehlerquellen minimieren. Dazu gehören unter anderem Standard Operating Procedures (SOPs) für die Rezeptur, die Warenannahme, die Beratung und die Dokumentation von Qualitätsmängeln.
-
Einrichtung und Pflege eines Qualitätsmanagementsystems (§ 1a ApBetrO)
-
Regelmäßige Schulungen des Personals (§ 3 ApBetrO)
-
Führung eines Betäubungsmittel-Registers (§ 14 BtMG)
-
Meldung unerwünschter Arzneimittelwirkungen (§ 63b AMG)
-
Einhaltung der Kühlkettenvorgaben (§ 13 ApBetrO)
-
Dokumentation aller Rezepte (Aufbewahrung 3 Jahre nach § 17 ApBetrO)
-
Durchführung von Sicherheitsüberprüfungen und Audits
Datenschutz und IT-Sicherheit
Apotheken verarbeiten in erheblichem Umfang personenbezogene Gesundheitsdaten (§ 9 Abs. 1 DSGVO: besondere Kategorien). Sie müssen daher ein Datenschutzkonzept etablieren, einen Datenschutzbeauftragten bestellen (ab 20 Mitarbeitern mit automatisierter Verarbeitung personenbezogener Daten, § 38 BDSG) und technisch-organisatorische Maßnahmen (TOMs) umsetzen. Auch die Anbindung an Apothekenrechenzentren und die Nutzung von Cloud-Diensten müssen DSGVO-konform gestaltet sein.
„Die Compliance-Anforderungen in der Apothekenbranche sind hoch und werden durch die Digitalisierung immer komplexer. Ein gut strukturiertes Qualitätsmanagement schützt nicht nur vor behördlichen Sanktionen, sondern erhöht auch die Betriebssicherheit und die Zufriedenheit Ihrer Kunden.“
— Das OnlineBilanz Steuerberater-Team
Was muss ich bei Nachfolge und Verkauf meiner Apotheke beachten?
Die Nachfolgeplanung ist für viele Apotheker eine der größten Herausforderungen. Der demografische Wandel und die zunehmende Marktkonzentration führen dazu, dass der Verkauf einer Apotheke oft lange Vorlaufzeiten erfordert. Rechtlich ist zu beachten, dass die Betriebserlaubnis nach § 1 ApoG personengebunden ist: Der Erwerber muss selbst approbierter Apotheker sein und eine neue Betriebserlaubnis beantragen.
Bewertung und Kaufpreisfindung
Der Kaufpreis einer Apotheke setzt sich in der Regel aus dem Substanzwert (Warenlager, Einrichtung, Immobilie) und dem Geschäftswert (Goodwill) zusammen. Der Goodwill bemisst sich meist nach dem EBIT oder EBITDA der letzten drei Jahre, multipliziert mit einem branchenüblichen Faktor (oft 0,8 bis 1,5). Eine solide Unternehmensbewertung berücksichtigt auch Standortfaktoren, Kundenstamm, Rezeptfrequenz und die Konkurrenzsituation.
Verkäuferperspektive
- Frühzeitig Unterlagen vorbereiten (Jahresabschlüsse, Kundenstamm, Mietvertrag)
- Unternehmensbewertung durch Sachverständigen
- Vertraulichkeitsvereinbarung mit Interessenten
- Steuerliche Gestaltung (z. B. § 16 EStG Freibetrag für Veräußerungsgewinn)
- Nachfolger sorgfältig auswählen (Betriebserlaubnis!)
Käuferperspektive
- Due Diligence: Prüfung der Verträge, Lieferantenbeziehungen, laufenden Verfahren
- Finanzierungskonzept mit Bank abstimmen
- Betriebserlaubnis rechtzeitig beantragen
- Übergangsregelung mit Verkäufer vereinbaren
- Steuerliche Abschreibung und Aktivierung klären
Steuerlich kann der Verkauf einer Apotheke erhebliche Auswirkungen haben. Bei der Einzelapotheke fällt der Veräußerungsgewinn in die Einkommensteuer, kann jedoch unter bestimmten Voraussetzungen durch den Freibetrag nach § 16 Abs. 4 EStG (bis zu 45.000 Euro) und die Tarifbegünstigung nach § 34 EStG gemildert werden. Bei der Apotheken-GmbH unterliegt der Veräußerungsgewinn der Körperschaftsteuer; die Ausschüttung an den Gesellschafter der Abgeltungsteuer (25 Prozent zuzüglich Solidaritätszuschlag).
Hinweis
Tipp: Planen Sie den Verkauf mindestens zwei Jahre im Voraus. Eine saubere Buchführung, aktuelle Jahresabschlüsse und eine transparente Dokumentation erhöhen den Unternehmenswert und erleichtern die Verhandlungen. Digitale Steuerberater-Dienstleistungen wie OnlineBilanz unterstützen Sie dabei, Ihre Abschlüsse rechtssicher und fristgerecht zu erstellen.
Häufig gestellte Fragen
Kann ich als Nicht-Apotheker eine Apotheke gründen?
Nein. Nach § 2 ApoG dürfen nur approbierte Apotheker eine Apotheke betreiben. Ausnahmen gelten nur für Erben, die innerhalb von 12 Monaten einen Apotheker als Betriebsleiter bestellen müssen. Kapitalgesellschaften sind nur zulässig, wenn mindestens 51 % der Anteile bei approbierten Apothekern liegen.
Wie viele Apotheken darf ein Apotheker gleichzeitig betreiben?
Nach § 8 ApoG darf ein approbierter Apotheker neben der Hauptapotheke bis zu drei Filialapotheken betreiben. Jede Filiale benötigt eine eigene Betriebserlaubnis und einen vor Ort verantwortlichen Apotheker. Versandapotheken unterliegen gesonderten Regelungen.
Ist eine Apotheke gewerbesteuerpflichtig oder freiberuflich?
Apotheken sind grundsätzlich gewerblich tätig und damit gewerbesteuerpflichtig (§ 2 GewStG), auch wenn ein approbierter Apotheker sie führt. Eine Einstufung als freiberufliche Tätigkeit im Sinne von § 18 EStG scheidet aus, da der Betrieb einer Apotheke über die rein heilberufliche Tätigkeit hinausgeht.
Welche Versicherungen sind für Apotheken Pflicht?
Verpflichtend ist die Berufshaftpflichtversicherung für Apotheker, die Schäden aus Beratungs- und Abgabefehlern abdeckt. Darüber hinaus sind eine Betriebshaftpflicht, Inventarversicherung und ggf. eine Vermögensschadenhaftpflicht dringend empfohlen. Auch eine Betriebsunterbrechungsversicherung sichert den laufenden Betrieb ab.
Wann benötige ich einen Steuerberater für meine Apotheke?
Spätestens ab Buchführungspflicht (Gewinn über 60.000 € oder Umsatz über 600.000 €) und bei der Rechtsform GmbH ist ein Steuerberater für Jahresabschluss, Steuererklärungen und Offenlegung ratsam. OnlineBilanz.de bietet Apotheken digitale Steuerberater-Leistungen mit Festpreisen – ohne Wartezeiten und mit voller StB-Verantwortung.
Hinweis: Dieser Artikel dient zu allgemeinen Informationszwecken. Für Ihren konkreten Jahresabschluss erstellt ein zugelassener Steuerberater von OnlineBilanz die Bilanz, prüft sie fachlich und unterzeichnet rechtsverbindlich. Gesetzliche Grundlagen: Gesetz über das Apothekenwesen (ApoG), Handelsgesetzbuch (HGB), GmbH-Gesetz (GmbHG), Umsatzsteuergesetz (UStG). Nächste redaktionelle Prüfung: Oktober 2026.
